Instale e configure ssh (sugiro PermitRootLogin No em /etc/ssh/sshd_config, PermitEmptyPasswords No; note outras sugestões também no texto)
Disable or remove in.telnetd, if installed
Geralmente, desative serviços desnecessários em /etc/inetd.conf usando o comando update-inetd --disable (ou desative inetd completamente, ou use o um substituto como xinetd ou rlinetd)
Disable other gratuitous network services; ftp, DNS, WWW etc should not be running if you do not need them and monitor them regularly. In most cases mail should be running but configured for local delivery only.
Para aqueles serviços que você precisa, não use os programas mais comuns, procure por versões mais seguras distribuídas com o Debian (ou de outras fontes). Seja lá o que você for parar de executar, tenha certeza que você entende os riscos.
Configure jaula chroot para usuários externos e daemons.
Configure firewall and tcpwrappers (i.e. hosts_access(5)); note trick for /etc/hosts.deny in text.
Se você executa o ftp, configure seu servidor ftpd sempre para executar enjaulado para o diretório home dos usuários
Se você executa X, desative a autenticação xhost e use-o com ssh; melhor ainda, se puder desative o X (adicione -nolisten tcp para a linha de comando do X e desligue o XDMCP no /etc/X11/xdm/xdm-config configurando requestPort para 0)
Desative acesso externo para as impressoras
Use tunelamento para qualquer sessão IMAP ou POP através do SSL ou ssh; instale stuneel se você quer fornecer este serviços para usuários de mail externos
Configure um host de log e configure as outras máquinas para enviar logs para esse host (/etc/syslog.conf)
Torne seguro o BIND, Sendmail, e outros daemons complexos (execute-os com uma jaulachroot; execute como um pseudo-usuário não root)
Install tiger or a similar network intrusion detection tool.
Install snort or a similar network intrusion detection tool.v
Faça sem NIS ou RPC se puder (desative portmap).